Galbadia, terra di soldati, assetata di potere, da più di 20 anni combatte contro il mondo intero per diventarne la padrona ma associato al nome di Galbadia, c'è quello della Strega, figura malefica che uccide gli uomini, arde i campi, disintegra i sogni...

Dalla fine della I Guerra della Strega, avvenuta 17 anni prima, si decise di creare dei gruppi di mercenari, i SEED, che, oltre a compiere le missioni più disparate, hanno il compito finale ma anche segreto di distruggere la Strega e cercare di porre fine alla guerra di Galbadia. I SeeD si trovano nei "Garden", specie di accademie, e al mondo ne esistono tre: il principale è quello di Balamb, segue quello di Galbadia e infine quello di Trabia.

Il protagonista principale della storia è Squall Leonhart, SeeD del Garden di Balamb. Ragazzo chiuso e introverso, non gli piace mostrare troppo di sé agli altri, ma in compenso è tra i primi della scuola, sia nello studio, sia nel combattimento. La sua arma è il "gunblade", un incrocio fra una spada e un fucile. Il suo rivale prediletto è Seifer, ragazzo spaccone e sicuro di sé, che cerca di intimorire i suoi stessi superiori. I SeeD per combattere, hanno bisogno anche dell'aiuto di misteriose entità, i Guardian Force (GF).

Durante l'esame per diventare SeeD, Squall fa delle nuove conoscenze: Selphie, una ragazza estremamente allegra e divertente che anche nelle battaglie più ardue da un enorme sostegno; e Zell, un ragazzo molto impulsivo, che parla prima di pensare, ma un amico fidato e un forte combattente. Dopo poco tempo, Squall incontra una ragazza misteriosa e comincia l'avventura...